Предположительно это самая старая церковь в долине реки Аммер. Сегодня известны документальные свидетельства, которые говорят о том, что еще в 9 веке нашей эры на этом месте была выстроена небольшая церковь, в которой жили отшельники из династии швабской ветви старших Вельфов — Этихо II.
Известно, что Вельфы выступали за укрепление папской власти в ущерб власти императорской. Долина Аммера была для них идеальном местом скитания и естественным образом защищала их от преследования Гибеллинов, которые выступали за укрепление власти Императора Священной Римской империи.
Здание церкви неоднократно перестраивалось. В 1618 году здание в очередной раз перестроили и в этом виде оно дожило до наших дней с небольшими изменениями — несколькими десятилетиями позже были достроены хоры и немного изменилась внутренняя планировка.
Паломнической, церковь становится в начале 18 века, после того, как в церкви обнаруживается христианская реликвия — Копьё Лонгина.
Согласно Евангелию, римский сотник Лонгин пронзил тело Иисуса своим копьём «один из воинов копьём пронзил Ему ребра, и тотчас истекла кровь и вода». Как и все Орудия Страстей, копьё считается одной из величайших реликвий христианства.
Появилось это копьё в церкви, скорее всего не случайно. Как известно, в соседней деревне Обераммергау уже почти 70 лет проходили постановки “Страстей Христовых” в знак благодарности Богу за спасение деревни от эпидемии чумы в начале 17 века.
Еще в 1703 году, в борьбе за испанское наследство, копье пропадает и долгое время о нем было ничего не известно. И только в 1734 году копьё обнаруживается в небольшой церквушке, рядом с деревней Унтераммергау.
Весть о появлении реликвии быстро разнеслась по Баварии и в церковь стали стекаться паломники со всей Европы. Церковными писаниями были зафиксированы сотни случаев чудесного исцеления незрячих и слабовидящих.
В 1779 году Франц Сераф Цвинк принимается за роспись потолков церкви. Это была его единственная работа по росписи церкви в классическом барочном стиле. Сегодня церковь Святой крови, пожалуй, одна из немногих церквей, которая удачно и гармонично сочетает в себе стили раннего барокко , высокого барокко, рококо и ренессанса.
Во времена секуляризации церковь хотели упразднить и снести, однако жители Обераммергау отстояли реликвию, практически вилами и кирками.
Примерно в это же время происходит исчезновение “Святого копья Лонгина”. Возможно, такую дорогую цену пришлось заплатить местным жителям за возможность оставить церковь нетронутой. После исчезновения реликвии поток паломников сократился, однако и по сей день к ней приходя страждущие в молитвах возносящие просьбы во исцеление тела.